diff --git a/docs/demo_slides.html b/docs/demo_slides.html new file mode 100644 index 0000000..d5bf6b6 --- /dev/null +++ b/docs/demo_slides.html @@ -0,0 +1,516 @@ + + + + + +pyADR — DiagramPlot & Argon Pipeline 功能介紹 + + + + + +
+ Academia Sinica · NTNU ⁴⁰Ar/³⁹Ar Lab +

pyADR
DiagramPlot & Argon Pipeline 功能介紹

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把 ⁴⁰Ar/³⁹Ar data reduction 的 isochron 數學對齊現代文獻,
並做成可檢視、可調參的自動化流程與互動式判讀工具。

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+ DiagramPlot 數學修正 + 互動式 isochron + Argon Pipeline 自動化 + 內建判讀輔助 +
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報告人:An-Jun (Andrew) Liu · pyADR v3.8.88 · 2026

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pyADR — Ar/Ar geochronology data reduction
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01
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+ 定位 +

我做了兩件事

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① DiagramPlot — 把數學做對

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  • 修正沿用多年、影響每一份歷史 Int age 與 WMA 的 isochron 公式 bug
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  • 全部對齊 community standard:
    Vermeesch 2018/2024、Schaen 2021、IsoplotR
  • +
  • 再把出圖升級成互動判讀工具(切方法、選 group、查公式)
  • +
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② Argon Pipeline — 把流程自動化

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    +
  • .dat 一路到年代,三頁式流程全自動
  • +
  • T₀ / MassRatio / AgeCalc 每一步都看得到、改得動
  • +
  • 內建 z-score、σ budget、MSWD 顏色等判讀輔助
  • +
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先講「正確性」(有文獻撐腰的硬實力),再講「自動化與好用」。
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定位
02
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+ DiagramPlot · 數學核心 +

修正 5 類 公式 bug,每條都有 primary literature

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+ + + + + + + +
項目舊版(錯)修正後文獻
Inverse isochron FF = 1/slope;LS 用 trapped 36/40 當 F(物理錯誤)F = −slope / intercept(York convention)Vermeesch 2024 / 2018
WMA 加權平均loop 內 1/σ² 互消 → 退化成 ΣTᵢ(純加總)Σ(T/σ²) / Σ(1/σ²)Schaen 2021
MSWD 參考點算術平均改用 WMASchaen 2021
σ_J 誤差傳播括號錯位 → σ_J 高估數個數量級(e^λt−1)/F_r² 正確偏導Bevington & Robinson 1992
σ₃₆ / σ₃₉corrections σ 被雙重計算從 raw component 扣回 σ²₃₆ₘ=σ²₃₆ₐ−σ²₃₆c…quadrature 一致化
+
這幾條不是我自己想的,是把程式對齊 IsoplotR / Schaen 的 community convention。
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DiagramPlot · 數學
03
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+ + +
+ DiagramPlot · 影響範圍 +

這些 bug 影響每一份過去的結果

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    +
  • SH 樣品 Int age:舊版 F 用 1/slope → age 系統性偏低
  • +
  • LS 樣品 Int age:舊版 F 用 trapped 36/40 → 完全錯
  • +
  • 所有 WMA:舊版等同 ΣTᵢ,不是加權平均
  • +
  • 所有 MSWD:舊版用算術平均當參考點
  • +
  • 所有 σ_age:舊版 σ_J 高估 → σ_age 整條系統性高估
  • +
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age 中心值修正後不變 的只有 σ_J 那條(只縮小誤差)。

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⚠ 給老師的提醒

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已投稿 / 已發表結果若用到舊的 Int age 或 WMA,建議評估是否需要 erratum

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✓ 怎麼證明修對了

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SYL31 LS(Sylhet Trap 玄武岩)
論文值 115.4 ± 3.9 Ma
修正後 Date / WMA ≈ 115 Ma

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DiagramPlot · 影響
04
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+ + +
+ DiagramPlot · 互動功能 +

從「靜態出圖」升級成 互動判讀工具

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+ + + + + x=0.01182 y=0.00251 | Regression: York 2004 | MSWD 1.07 (n=6) + + + + ³⁹Ar/⁴⁰Ar + ³⁶Ar/⁴⁰Ar + + + + + + + atm ⁴⁰/³⁶ = 1/intercept + + + + + + + + + + group fit + group fit + +

Inverse isochron:滑鼠座標 + 回歸方法/MSWD 併入上方 infoLabel;大氣值與 group 交點用紅/彩 X

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    +
  • 方法可切換OLS ↔ York 2004 dropdown,即時 re-render
  • +
  • 互動選點:圖上直接點 data point 分 group,各自算 isochron(初開頁面就能點)
  • +
  • infoLabel:即時顯示滑鼠資料座標 + 回歸 MSWD
  • +
  • marker 修正:大氣值紅圓→紅 X、group 交點→彩色 X,不再被誤認 data point
  • +
  • Int age std 標籤補回(之前被截斷空白)
  • +
+
+
+
DiagramPlot · 互動
05
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+ + +
+ DiagramPlot · 控制與輔助 +

軸全可調,公式當場查得到

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+
+
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Plot Controls 面板

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    +
  • X/Y 軸範圍 per-panel 獨立(isochron 與三譜尺度天差地遠,不再綁同一組軸)
  • +
  • Style:pyADR / Classic PDF 兩種出圖風格
  • +
  • Log Y(Ca/K、Cl/K、Degassing)、Group Span
  • +
  • legend / group fits / overall fit 開關
  • +
+
+
+

Main / Help 選單 + 內建公式

+

menubar:Main(回首頁)· Help → Formulas & References

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Help 對話框 7 個 tab,HTML 渲染含表格 / 上下標 / 文獻外連:

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+ Plateau / WMAIsochron + MSWDAge formula + Ar components3D Plane Fit + References +
+

「看圖看到一半想確認公式,當場查得到,引文都列好。」

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+
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7 張圖:Age Spectrum · ⁴⁰Ar(r)% · Inverse Isochron · Normal Isochron · Ca/K · Cl/K · Degassing

+
DiagramPlot · 控制
06
+
+ + +
+ Argon Pipeline · 總覽 +

三頁式流程:.dat → 年代,每步可檢視

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+ + + + + + .dat + 原始訊號 + + + ① Calculate T₀ + 挑 cycle · 定截距 + z-score 著色 · σ 雙軌 + + + ② MassRatio + 質量歧視校正 + 對齊 NTNU 格式 + + + ③ AgeCalc + Datum + York isochron · plateau + 9 個分頁 · 可改 J 重算 + + + 年代 ± σ + 表 · 圖 · datum · export + + + + + + + + + + 左側固定按鈕列 | Parameter 鈕可隨時跳去調 J 等常數再切回,session 不丟 + +
不是黑盒子:T₀ 挑哪些 cycle、用哪條 σ、plateau 選哪幾階,全部攤在 UI 上可檢視、可手動覆蓋。
+
Argon Pipeline · 流程
07
+
+ + +
+ Argon Pipeline · ① Calculate T₀ +

智慧挑訊號,每顆 cycle 都看得到為什麼

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+
+
+ + + + + Sample: NO.65 | Mineral: Muscovite | Mode: Auto | Fit: Linear + + + Blank + 700°C + 900°C + 1100°C + + Cycle 選取(robust z-score 著色) + + + + c1 + c2 + c3 + c4 + c5 + c6 + c7 + + + + healthy z<1.8 + suspicious + outlier z≥3 + excluded + + + Signal T₀ Range(挑 blank cycle) + + + + + Blank + + + + 700°C ◀ + 900°C + 1100°C + 1300°C + +
+
+
    +
  • Serial 挑 cycle:按物理依賴順序 Ar37→Ar36→Ar38/39/40,不再各 isotope 獨立亂挑
  • +
  • z-score 著色:MAD-based robust z,藍/琥珀/紅一眼看出 outlier,hover 顯示 t / mV / z
  • +
  • σ 雙軌可切換pcov[-1,-1](Li 2019)vs std(|r|)/√n,圖上同時印兩式
  • +
  • T₀ Range 盒鬚圖:blank box + 各 step T₀±σ,黃帶標目前 step,輔助挑 blank cycle
  • +
+
+

對老師強調:AutoPipeline 的 σ_T0 改 SE-from-covariance,但主程式 CalcT0Page 您指定的 std(|r|)/√n 我沒動。

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+
Argon Pipeline · T₀
08
+
+ + +
+ Argon Pipeline · ③ AgeCalc + Datum +

Excel 風格 9 分頁:左圖 + 右資訊面板

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+ + + + J = 0.0008912 + atm 298.56 + Recalculate + MSWD 1.07 ext + + + Cumulative ³⁹Ar(K) % + Age (Ma) + + + + + + + + + + + Plateau 9.77 ± 0.28 Ma (2σ) + + + Summary + Datum + Age Spectrum + ⁴⁰Ar(r)% + Inverse + Normal + Ca/K + Cl/K + Degassing + + +
+
+
    +
  • 9 分頁:Summary · Datum · Age Spectrum · ⁴⁰Ar(r)% · Inverse · Normal · Ca/K · Cl/K · Degassing
  • +
  • York 2004 isochron + Wendt-Carl 1991 √MSWD 外部誤差(MSWD>1 誠實放大 σ)
  • +
  • plateau 可手動勾 或 Auto-plateau;改完即時更新
  • +
  • 可編輯 J + Recalculate:走完整 pipeline 重算,表 / banner / 圖 / datum 一致更新
  • +
  • Plot Controls:軸範圍、Style、Log Y、Group Span 全可調
  • +
+
+
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Argon Pipeline · AgeCalc
09
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+ + +
+ Argon Pipeline · 判讀輔助 +

不用心算就知道數據健不健康

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σ uncertainty budget

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total fusion σ² 拆三來源,一眼分 J-limited / signal-limited

+ + J 15% + ⁴⁰Ar* 73% + ³⁹K 12% + +
+
+

³⁶Ar blank → Inverse Isochron 敏感度

+
    +
  • 滑桿拉 ³⁶ blank ×k,看點垂直滑動、trapped ⁴⁰/³⁶ 與 age 怎麼動
  • +
  • 即時讀數 trapped = 1/interceptage (F=−slope/intercept)
  • +
  • 純 what-if 預覽,不改任何科學輸出
  • +
+
+
+
+

MSWD 顏色提示

MSWD>1 → banner 標「ext」,σ_age ×√MSWD(對齊 IsoplotR model-1)

+

⁴⁰Ar(r)% > 100% 警示

net ³⁶Ar(atm)<0 自動標紅,提示 ³⁶ blank 扣過頭

+
+
Argon Pipeline · 判讀
10
+
+ + +
+ 驗證 +

怎麼讓老師相信數字

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+
+
+

標準樣品(K-rich 雲母)

+
NO.65 muscovite
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irradiation 0621-01C

+
9.77± 0.28 Ma
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plateau WMA 目標值

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+

論文對照(玄武岩)

+
SYL31 LS
+

Sylhet Trap 玄武岩

+
115.4± 3.9 Ma
+

修正後 Date / WMA ≈ 115 Ma ✔

+
+
+

第三方交叉比對

+
IsoplotR
+

同一份 0621-01C

+
MSWD · p(χ²)
對得上
+

York / inverse isochron 一致

+
+
+
驗證
11
+
+ + +
+ 小結 +

把 pyADR 從「能跑」做到「能信、好用」

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    +
  • DiagramPlot:5 類 isochron 公式對齊文獻 + 互動選點 / 切方法 / 內建公式查詢
  • +
  • Argon Pipeline:.dat→年代三頁自動化,每步可檢視、可調 J 重算
  • +
  • 判讀輔助:z-score、σ budget、MSWD 顏色、敏感度 what-if
  • +
  • 驗證:NO.65 9.77 Ma、SYL31 115 Ma、IsoplotR 交叉比對
  • +
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下一步(已知 backlog)

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  • LAMBDA_K 正式定義為 Renne 2010 (5.531e-10)
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  • plateau 的 σ budget + w/o-J 分析誤差
  • +
  • Errorchron Model 3 / anchored isochron(少 step 備援)
  • +
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謝謝老師,歡迎指教 🙏

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An-Jun (Andrew) Liu · pyADR v3.8.88
12
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+ + + + diff --git a/docs/demo_slides.pdf b/docs/demo_slides.pdf new file mode 100644 index 0000000..54354ec Binary files /dev/null and b/docs/demo_slides.pdf differ diff --git a/docs/demo_slides.pptx b/docs/demo_slides.pptx new file mode 100644 index 0000000..1dd352a Binary files /dev/null and b/docs/demo_slides.pptx differ