feat(cli): préparer graph-memory-ingest pour la v3.3

CHANGELOG.md

@@ -1,5 +1,14 @@
 # Changelog
 
+## [3.2.1] - 2026-08-30
+
+### 🧹 Cleanup des ontologies S3 orphelines
+
+- **`storage_check`** ne considère plus automatiquement tous les objets contenant `_ontology_` comme légitimes : seules les ontologies encore référencées par une mémoire existante sont protégées.
+- **`storage_cleanup`** peut désormais détecter et supprimer les ontologies laissées sur S3 après la suppression d'une mémoire, y compris les copies obsolètes d'une ontologie.
+- **Compatibilité legacy** : les mémoires anciennes sans `ontology_uri` restent protégées par une correspondance stricte sur leur identifiant et leur nom d'ontologie.
+- Correctif de l'issue [#31](https://github.com/Cloud-Temple/graph-memory/issues/31), validé sur Docker local : 5 ontologies orphelines détectées puis supprimées, second contrôle à 0 orphelin.
+
 ## [3.2.0] - 2026-06-04
 
 ### 🧭 `source_path` exposé dans la recherche Graph-first

Dockerfile

@@ -11,7 +11,7 @@ FROM python:3.11.12-slim
 # Métadonnées
 LABEL maintainer="Cloud Temple"
 LABEL description="MCP Memory Service - Knowledge Graph Memory for AI Agents"
-LABEL version="3.2.0"
+LABEL version="3.2.1"
 
 # Variables d'environnement Python
 ENV PYTHONDONTWRITEBYTECODE=1

README.en.md

@@ -14,9 +14,9 @@ Built by **[Cloud Temple](https://www.cloud-temple.com)**.
 
 ## 📋 Changelog
 
-See **[CHANGELOG.md](CHANGELOG.md)** for the full version history (v0.5.0 → v3.2.0).
+See **[CHANGELOG.md](CHANGELOG.md)** for the full version history (v0.5.0 → v3.2.1).
 
-**Latest**: v3.2.0 (June 4, 2026) — `source_path` exposed in Graph-first search: `memory_search` and `memory_query` now return the canonical source path (`source_path`) and a derived `repo_path` for every document/chunk, letting an agent open the Git file immediately without a full `document_list`. Enriched via a retroactive graph join (no re-ingestion). `document_get`/`document_list` tools aligned. Previously: v3.1.1 (`/admin` "⚡ Ingest Jobs" console).
+**Latest**: v3.2.1 (August 30, 2026) — `storage_check` and `storage_cleanup` now detect S3 ontology objects orphaned after memory deletion, while preserving ontologies still referenced by existing memories and legacy memories without an `ontology_uri`. Fixes [#31](https://github.com/Cloud-Temple/graph-memory/issues/31). Previously: v3.2.0 (`source_path` exposed in Graph-first search).
 
 ---
 

README.md

@@ -66,9 +66,9 @@ Développé par **[Cloud Temple](https://www.cloud-temple.com)**.
 
 ## 📋 Changelog
 
-Voir **[CHANGELOG.md](CHANGELOG.md)** pour l'historique complet des versions (v0.5.0 → v3.2.0).
+Voir **[CHANGELOG.md](CHANGELOG.md)** pour l'historique complet des versions (v0.5.0 → v3.2.1).
 
-**Dernière version** : v3.2.0 (4 juin 2026) — `source_path` exposé dans la recherche Graph-first : `memory_search` et `memory_query` renvoient désormais le chemin source canonique (`source_path`) et un `repo_path` dérivé pour chaque document/chunk, permettant à un agent d'ouvrir immédiatement le fichier Git sans `document_list` complet. Enrichissement par jointure graphe rétroactive (aucune ré-ingestion). Outils `document_get`/`document_list` alignés. Précédemment : v3.1.1 (console `/admin` « ⚡ Ingest Jobs »).
+**Dernière version** : v3.2.1 (30 août 2026) — `storage_check` et `storage_cleanup` détectent désormais les ontologies S3 devenues orphelines après la suppression d'une mémoire, tout en protégeant les ontologies encore référencées et les mémoires legacy sans `ontology_uri`. Correctif de l'issue [#31](https://github.com/Cloud-Temple/graph-memory/issues/31). Précédemment : v3.2.0 (`source_path` exposé dans la recherche Graph-first).
 
 ---
 
@@ -932,4 +932,4 @@ Développé par **[Cloud Temple](https://www.cloud-temple.com)**.
 
 ---
 
-*Graph Memory v3.2.0 — Juin 2026*
+*Graph Memory v3.2.1 — Août 2026*

VERSION

@@ -1 +1 @@
-3.2.0
+3.2.1

src/mcp_memory/__init__.py

@@ -15,5 +15,5 @@
     python -m src.mcp_memory.server --port 8002
 """
 
-__version__ = "3.2.0"
+__version__ = "3.2.1"
 __author__ = "Cloud Temple"

src/mcp_memory/server.py

@@ -26,6 +26,7 @@
 from .auth.middleware import AuthMiddleware, LoggingMiddleware, StaticFilesMiddleware
 from .auth.context import check_memory_access, check_write_permission, check_admin_permission, get_allowed_memory_ids, current_auth
 from .core.validators import validate_memory_id, validate_filename, validate_document_size, validate_entity_name, validate_backup_id as validate_backup_id_format, check_bootstrap_key_safety
+from .storage_consistency import collect_referenced_ontology_keys, is_referenced_ontology_key
 
 
 # =============================================================================
@@ -2226,13 +2227,21 @@ async def storage_check(
                 return admin_err
 
         # 1. Récupérer les mémoires à vérifier
+        all_memories = await get_graph().list_memories()
         if memory_id:
-            memory = await get_graph().get_memory(memory_id)
+            memory = next((mem for mem in all_memories if mem.id == memory_id), None)
             if not memory:
                 return {"status": "error", "message": f"Mémoire '{memory_id}' non trouvée"}
             memories = [memory]
         else:
-            memories = await get_graph().list_memories()
+            memories = all_memories
+
+        # Les ontologies ne sont légitimes que si une mémoire existante les
+        # référence. Les mémoires legacy sans ontology_uri sont protégées par
+        # un fallback strict sur leur préfixe et leur nom d'ontologie.
+        referenced_ontology_keys, legacy_ontology_patterns = collect_referenced_ontology_keys(
+            all_memories, get_storage()._parse_key
+        )
 
         # 2. Collecter toutes les URIs des documents référencés dans le graphe
         graph_uris = set()          # URIs référencées dans Neo4j
@@ -2275,7 +2284,6 @@ async def storage_check(
         all_graph_uris = set(graph_uris)  # Commencer avec celles du scope
         if memory_id:
             # Charger les URIs des autres mémoires aussi
-            all_memories = await get_graph().list_memories()
             for mem in all_memories:
                 if mem.id == memory_id:
                     continue  # Déjà chargé
@@ -2310,9 +2318,11 @@ async def storage_check(
             if key.startswith("_backups/"):
                 continue
 
-            # Ignorer les ontologies (fichiers légitimes)
-            # Le pattern est {hash[:8]}__ontology_{name}.yaml (double _ car hash + _ontology)
-            if "_ontology_" in key:
+            # Ignorer uniquement les ontologies encore référencées par une
+            # mémoire existante. Une ontologie de mémoire supprimée est orpheline.
+            if is_referenced_ontology_key(
+                key, referenced_ontology_keys, legacy_ontology_patterns
+            ):
                 continue
 
             # Si la clé n'est pas référencée dans le graphe → orphelin

src/mcp_memory/static/admin.html

@@ -4,7 +4,7 @@
     <meta charset="UTF-8">
     <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
     <title>Cloud Temple — Graph Memory Admin</title>
-    <link rel="stylesheet" href="/static/css/admin.css?v=3.2.0-admin">
+    <link rel="stylesheet" href="/static/css/admin.css?v=3.2.1-admin">
 </head>
 <body>
     <div class="login-overlay" id="loginOverlay">
@@ -45,7 +45,7 @@ <h1>Graph Memory</h1>
         </main>
     </div>
 
-    <script src="/static/js/admin-api.js?v=3.2.0-admin"></script>
-    <script src="/static/js/admin-app.js?v=3.2.0-admin"></script>
+    <script src="/static/js/admin-api.js?v=3.2.1-admin"></script>
+    <script src="/static/js/admin-app.js?v=3.2.1-admin"></script>
 </body>
 </html>

src/mcp_memory/storage_consistency.py

@@ -0,0 +1,41 @@
+"""Règles pures de classification des objets S3 liés aux mémoires."""
+
+
+def collect_referenced_ontology_keys(memories, parse_key):
+    """Retourne les clés d'ontologie légitimes et les fallbacks legacy.
+
+    Les mémoires récentes référencent exactement leur objet via ``ontology_uri``.
+    Pour une mémoire legacy sans URI, on protège uniquement son propre préfixe
+    et le nom de son ontologie ; les autres objets ``_ontology_`` restent
+    éligibles au nettoyage.
+    """
+    referenced_keys = set()
+    legacy_patterns = []
+
+    for memory in memories:
+        ontology_uri = getattr(memory, "ontology_uri", None)
+        if ontology_uri:
+            try:
+                referenced_keys.add(parse_key(ontology_uri))
+                continue
+            except ValueError:
+                pass
+
+        memory_id = getattr(memory, "id", "")
+        ontology = getattr(memory, "ontology", "")
+        if memory_id and ontology:
+            legacy_patterns.append((f"{memory_id}/", f"__ontology_{ontology}.yaml"))
+
+    return referenced_keys, legacy_patterns
+
+
+def is_referenced_ontology_key(key, referenced_keys, legacy_patterns):
+    """Indique si une clé d'ontologie est encore rattachée à une mémoire."""
+    if "_ontology_" not in key:
+        return False
+    if key in referenced_keys:
+        return True
+    return any(
+        key.startswith(prefix) and key.endswith(suffix)
+        for prefix, suffix in legacy_patterns
+    )

tests/test_storage_consistency.py

@@ -0,0 +1,68 @@
+from types import SimpleNamespace
+
+from src.mcp_memory.storage_consistency import (
+    collect_referenced_ontology_keys,
+    is_referenced_ontology_key,
+)
+
+
+def _parse_key(value: str) -> str:
+    if value.startswith("s3://"):
+        parts = value[5:].split("/", 1)
+        if len(parts) != 2:
+            raise ValueError(value)
+        return parts[1]
+    return value
+
+
+def test_referenced_ontology_is_protected_but_duplicate_is_orphan():
+    memory = SimpleNamespace(
+        id="active-memory",
+        ontology="software-development",
+        ontology_uri=(
+            "s3://bucket/active-memory/documents/aaaa1111_"
+            "_ontology_software-development.yaml"
+        ),
+    )
+    referenced, legacy = collect_referenced_ontology_keys([memory], _parse_key)
+
+    assert is_referenced_ontology_key(
+        "active-memory/documents/aaaa1111__ontology_software-development.yaml",
+        referenced,
+        legacy,
+    )
+    assert not is_referenced_ontology_key(
+        "active-memory/documents/bbbb2222__ontology_software-development.yaml",
+        referenced,
+        legacy,
+    )
+
+
+def test_deleted_memory_ontology_is_orphan():
+    referenced, legacy = collect_referenced_ontology_keys([], _parse_key)
+
+    assert not is_referenced_ontology_key(
+        "deleted-memory/documents/aaaa1111__ontology_general.yaml",
+        referenced,
+        legacy,
+    )
+
+
+def test_legacy_memory_without_uri_protects_only_its_expected_ontology():
+    memory = SimpleNamespace(
+        id="legacy-memory",
+        ontology="legal",
+        ontology_uri=None,
+    )
+    referenced, legacy = collect_referenced_ontology_keys([memory], _parse_key)
+
+    assert is_referenced_ontology_key(
+        "legacy-memory/documents/aaaa1111__ontology_legal.yaml",
+        referenced,
+        legacy,
+    )
+    assert not is_referenced_ontology_key(
+        "deleted-memory/documents/aaaa1111__ontology_legal.yaml",
+        referenced,
+        legacy,
+    )

tools/graph-memory-ingest/.gitignore

@@ -0,0 +1 @@
+/bin/