SLR Template — Systematic Literature Review Workflow

Template repo untuk menjalankan Systematic Literature Review (SLR) mengikuti PRISMA 2020, dari protokol sampai draft manuskrip siap submit. Diturunkan dari workflow SLR AVSEC yang sudah selesai dijalankan end-to-end.

Didesain untuk dipakai tanpa Claude Code / AI coding assistant apa pun — cukup Python biasa + LLM chat (ChatGPT, Claude.ai, Gemini, dll) untuk bagian yang butuh tulisan/analisis.

Prasyarat

• Python 3.10 atau lebih baru direkomendasikan. Script sudah dibuat kompatibel ke Python 3.7+ lewat from __future__ import annotations, tapi 3.10+ lebih aman kalau ragu.
• pandoc — dipakai di fase 8 untuk convert markdown → DOCX/HTML.

Cara pakai

1. Clone/download repo ini.
2. pip install -r requirements.txt (hanya matplotlib + python-docx, wajib). Ada 2 dependency opsional (networkx, cairosvg) yang dikomentari di requirements.txt — baca catatan di file itu sebelum coba install, salah satunya (cairosvg) bisa gagal di Windows tanpa library sistem tambahan, dan itu tidak masalah, semua fase tetap jalan tanpanya.
3. Install pandoc.
4. Kerjakan fase secara berurutan — tiap folder punya README.md (cara pakai + script) dan prompt.md (kalau fase itu butuh LLM).

Contoh alur singkat (RQ, screening, sampai chart pertama)

1. Buka protocol/prompt.md, isi topik SLR-mu, tempel ke ChatGPT/Claude.ai → dapat draft RQ + kriteria inklusi/eksklusi + search string. Simpan hasilnya di protocol/.
2. Jalankan search string manual di database, simpan CSV hasilnya di phase_1_identification/raw_results/<nama_database>/. Kalau ada paper dari hand-search/grey literature (bukan export database), PDF aslinya taruh di raw/ (gitignored) dan katalognya di phase_1_identification/raw_results/manual_collection/ atau grey_literature/ — lihat README di masing-masing folder itu.
3. cd phase_2_deduplication && python3 scripts/dedup.py ../phase_1_identification/raw_results/ → dapat records_after_dedup.csv, tanpa LLM.
4. Lanjut ke phase_3_screening/prompt.md untuk screening, dst. mengikuti tabel di bawah.

Setelah beberapa studi ter-extract di fase 4 dan ternilai kualitasnya di fase 5, kamu sudah bisa coba chart pertama tanpa LLM: phase_7_visuals/scripts/fig_year_distribution.py.

Alur 10 fase

Folder	Fase	Butuh LLM?
protocol/	Rumuskan RQ, kriteria inklusi/eksklusi, search string	Ya
phase_1_identification/	Jalankan search string, kumpulkan hasil mentah	Ya (untuk NOTES)
phase_2_deduplication/	Hapus duplikat lintas database	Tidak — script generic
phase_3_screening/	Screening title/abstract & full-text, hitung κ	Ya (checklist) + script (κ)
phase_4_extraction/	Ekstraksi data terstruktur per RQ	Ya
phase_5_quality/	Quality appraisal (JBI/CASP/dll)	Ya (form) + script (summary)
phase_6_synthesis/	Narrative synthesis per RQ	Ya
phase_7_visuals/	PRISMA flow + figure pendukung	Sebagian — lihat README fase ini
phase_8_manuscript/	Draft manuskrip lengkap + convert DOCX/HTML	Ya (tulisan) + script (convert)
phase_9_paper/	Sesuaikan ke template jurnal tujuan	Ya

Filosofi template ini

Tiga jenis isi di tiap folder, jangan disamakan perlakuannya:

1. Script generic (scripts/*.py tanpa akhiran _EXAMPLE) — jalan langsung di data kamu, sudah diuji, tidak butuh diubah. Contoh: dedup.py, kappa.py, prisma_flow.py.
2. Prompt (prompt.md) — untuk bagian yang butuh tulisan/analisis manusia dibantu LLM. Isi placeholder [SEPERTI_INI], tempel ke LLM chat apa pun.
3. Contoh referensi (scripts/reference_examples/*_EXAMPLE.py) — pola kode yang isinya sengaja spesifik topik (taxonomy tema, definisi RQ). Ini BUKAN bug atau kemalasan — taxonomy/RQ adalah hasil analisis SLR itu sendiri, tidak bisa di-generic-kan. Salin polanya, isi ulang dengan hasil analisis topikmu sendiri (pakai prompt terkait untuk minta LLM membuatkannya).

Struktur folder

Setiap folder fase mengikuti pola yang sama: README.md (cara pakai + script) + prompt.md (kalau butuh LLM) + scripts/ (kalau ada yang bisa dijalankan langsung). Contoh salah satu fase:

phase_2_deduplication/
├── README.md
└── scripts/
    └── dedup.py

Struktur penuh:

slr-template/
├── README.md
├── requirements.txt
├── .gitignore                         (raw/ tidak di-commit — lihat di bawah)
├── raw/                                (dump PDF/DOCX asli hasil manual search & grey lit — GITIGNORED)
├── protocol/                          (README.md, prompt.md)
├── phase_1_identification/            (README.md, prompt.md)
│   └── raw_results/
│       ├── grey_literature/           (README.md + grey_raw_template.csv)
│       └── manual_collection/         (README.md + manual_raw_template.csv)
├── phase_2_deduplication/scripts/     (README.md + dedup.py)
├── phase_3_screening/scripts/         (README.md, prompt.md + kappa.py)
├── phase_4_extraction/                (README.md, prompt.md)
├── phase_5_quality/scripts/           (README.md, prompt.md + quality_summary.py + 2 varian)
├── phase_6_synthesis/                 (README.md, prompt.md)
├── phase_7_visuals/scripts/reference_examples/   (README.md, prompt.md + 5 script + 3 contoh referensi)
├── phase_8_manuscript/scripts/        (README.md, prompt.md + build_docx.py, build_html.py)
├── phase_9_paper/                     (README.md, prompt.md)
└── _dev_notes/                        (catatan proses pembuatan template ini — tidak perlu dibaca untuk memakai template)

Lisensi

(belum diputuskan — MIT disarankan untuk kode, CC-BY untuk dokumentasi/prompt)