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BioData Manager

生物信息学数据管理系统,用于管理原始测序数据、分析结果和相关元数据。

功能特性

  • 原始数据管理:管理测序原始数据项目,支持多条件筛选和元数据配置
  • 结果数据管理:管理分析结果数据,支持关联原始数据项目
  • 文件管理:递归扫描下载目录、导入文件、文件记录管理
  • 文件校验:异步计算文件的 MD5 和 SHA256 哈希值,支持大文件校验
  • 批量操作:异步批量删除和批量导入文件,避免大文件或多文件操作超时
  • 元数据配置:动态配置字段显示和表单生成

快速开始

Docker 部署(推荐)

# 启动服务(首次运行会自动初始化数据库)
docker-compose up -d

# 查看日志
docker-compose logs -f biodata-manager

# 停止服务
docker-compose down

环境变量配置

创建 .env 文件:

# MySQL 数据库配置
MYSQL_ROOT_PASSWORD=rootpassword
MYSQL_DATABASE=biodata
MYSQL_USER=biodata
MYSQL_PASSWORD=biodata123

# 应用配置
BIODATA_USE_MOVE_MODE=true
INIT_DATABASE=true  # 首次运行设为 true,之后设为 false

技术栈

类别 技术
后端框架 Flask >=3.0.0
模板引擎 Jinja2 >=3.1.0
数据库 MySQL 8.x (LTS)
前端 UI Bootstrap 5
异步处理 Python Threading

最近更新

  • 递归子目录文件导入修复 (2026-03-20):修复从递归扫描结果中导入子目录文件时,只导入顶层文件夹文件的问题
  • 导入时间戳优化:异步导入使用任务创建时间作为 imported_at
  • 递归文件扫描:支持扫描多层子目录,自动发现所有嵌套文件
  • 异步 Hash 校验:新增文件 MD5/SHA256 哈希值计算功能
  • 异步批量删除/导入:支持大量文件操作,避免超时

文档

详细文档请参阅 AGENTS.md

许可证

MIT License

About

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