Aulas práticas da disciplina "CEN5789 - Genômica e Bioinformática"
Criador e Instrutor do material de Bioinformática e tradução do material de UNIX Diego M. Riaño-Pachón
Criadores do material de LINUX na versão em Inglês
Simon Prochnik
Sofia Robb
- Unix
- Unix 1
- Panorama de Unix
- O básico
- Formas de acessar o terminal do Linux
- OK. Estou no terminal. E agora?
- Prompt da linha de comandos
- Executando comandos
- Edição da linha de comandos
- Curingas
- Lar doce lar
- Conhecendo o sistema de arquivos
- Comandos essenciais de Unix
- Obtendo informação dos comandos
- Encontrando quais comandos estão disponíveis no seu computador
- Argumentos e switches na linha de comando
- Espaços e caracteres estranhos
- Comandos úteis
- Manipulando pastas
- Rede
- E/S padrão e redirecionamento
- Um exemplo simples
- Meta-caracteres de redirecionamento
- Filtros, Nomes de arquivos, e entrada padrão
- E/S Padrão e Tubos
- Mais Exemplos de Encadeamento de Comandos (Pipes)
- Mais Unix
- Link para o conjunto de problemas 1 de Unix
- Unix 2
- Git para iniciantes
- Unix 1
- Bioinformática
- Bioinfo 1 - Operações básicas em Bioinformática
- Bioinfo 2 - Análise de Sequências
- Bioinfo 3 - Análise de dados de sequenciamento em larga escala
- Bioinfo 4 - Montagem de novo de genomas
- Bioinfo 5 - Genome annotation
- Bioinfo 6 - Gene Ortólogos
- Bioinfo 7 - Transcriptômica
- Descarregando os dados de repositórios públicos
- Pre-processando os dados de RNASeq
- Estimando os Níveis de Expressão de Transcritos e Genes
- Vamos nos preparar para a detecção de GENES diferencialmente expressos.
- Carregando os dados em R
- DESeq2
- Modelo estatístico no DESeq2
- Identificacão de genes diferencialmente expressos com DESseq2
- Diagramas de Venn dos genes differencialmente expressos
- Identificando funções sobre-representadas nos grupos de genes diferencialmente expressos.
- Identificando grupos de genes com perfis de expressão semelhantes.